В программе clickermann имеется большой набор различных функций для анализа экрана. Но использовать их довольно сложно, особенно если опыт программирования небольшой.
Проблемы могут возникать по разным причинам:
Игра использует очень хитрый рендер (отрисовку). Оверлеи и "слоеные" (прозрачные) окна пока не захватываются. Кстати, по поводу прозрачных окон. С этим вам поможет менеджер окон, так как он может управлять прозрачностью. Если выставить прозрачность (читать "видимость") на 100%, то флаг использования слоев с окна снимается и кликер начинает видеть окно.
Еще один интересный момент может случиться в крутых играх. Может возникнуть проблема с составлением скрипта если в игре используется свой графический курсор. Редактор просто все время видит пиксель одного цвета (цвета графического курсора). Решить проблему можно отключив графический курсор в настройках игры (если такое можно). Либо снять скриншот и составлять скрипт уже по нему.
Прежде чем вопить "в редакторе работает, а так нет!!1", прочтите руководство и поставьте наконец функцию GETSCREEN
Есть еще замечательные варианты как сбитые настройки цветовосприятия, кривой скрипт и системные ошибки в ДНК.